فناوری فیلتر HEPA اولین بار در دهه 1940 توسط بخش شیمیایی ارتش آمریکا و کمیته تحقیقات دفاع ملی طراحی و ایجاد شد. به عنوان بخشی از پروژه منهتن ، دانشمندان ملزم به ساخت فیلتری مناسب برای حذف مواد رادیواکتیو از هوا شدند. پروژه منهتن یک پروژه طبقه بندی شده دولتی حول توسعه بمب اتم در طول جنگ جهانی دوم بود. محققان به روشی برای کنترل ذرات بسیار ریز آلوده به منابع رادیواکتیو هسته ای نیاز داشتند. هدف در آن زمان فیلتر کردن این سموم کوچک رادیواکتیو موجود در هوا بود که در طول توسعه و تولید بمب های اتمی ساطع شده بود. طراحی این فیلتر ، خود بر اساس ماسکی بود که سربازان آمریکایی می پوشیدند. فیلتر ماسک ها از نوعی ماده از ترکیب الیاف پنبه نسوز و سلولز بود که سموم موجود در هوا را حذف کرده و سربازان آمریکایی را در برابر حملات گازی مصون نگه می داشت.